朱之瑜定居日本後,冷静地回顾和研讨明亡的历史教训,并在六十二岁时,即明亡後的第十七年,写下了著名的《中原阳九述略》。这篇著作共分四章。 第一章题名“致虏之由”。舜水认为明亡的原因主要有二:一是政治腐败。“中国之有逆虏之难,贻羞万世,固逆虏之负恩,亦中国士大夫之自取也。语日:‘木必朽而後蛀生之。’未有不朽之木,蛀能生之者也”。二是学术虚伪。明末科举制成了文人士子攫取个人功名的手段,所以人们穷年皓首于猎取华词、埋头 哗哔之中,不知读书以出治临民之义哉!第二章论“虏势二条”。一条论天启、崇祯年间,边臣失职,致虏披猖;二条论虏入中原後,搜括徵发,使天下骚然。第三章讲“虏害十条”。舜水痛斥满清入主中原後的十大罪状有:1.东人之害,自江以北至南京。2.沿海有防边、养兵、藏匿、接济之害。
朱之瑜的学术博采众家所长,常谓“千金之裘,非集于一狐之腋”,博通经史,最喜《资治通鉴》,长于《春秋》;道德思想方面,主张忠君爱国,推崇苏武、文天祥的伟大人格。正是这种不尚虚华的学风、扎实严谨的学问和刚直崇高的人格,他的学术于日本发扬光大,当时的日本学者以师事朱之瑜为荣,比拟为“七十子之事孔子”。他的学生遍布日本,最著名的有历史学家、《大日本史》的作者安东守约,日本儒学古学派的奠基人、江户时代著名哲学家伊藤仁斋,德川家康的孙子、政治家、儒学“水户学派”的始祖德川光国,江户时代著名经学家山鹿素行、木下顺斋等等。朱之瑜一生著述不甚多,但几乎全在日本所撰,有《朱舜水先生文集》、《安南供役纪事》、《阳久述略》、《释奠仪注》等等。他论学问,以实用为标准。
德川光国之所以能开创独树一帜、颇有成就的水户历史学派,是和朱之瑜多年的教育、熏陶分不开的。 朱之瑜在日执教,对水户藩和加贺藩影响最大。安积觉、今井弘济、小宅生顺等都是经德川光国介绍对朱之瑜执弟子礼的。加贺藩主前田纲纪也很敬重朱之瑜,执弟子礼,所以他的属臣均拜朱为师。加贺藩的属臣奥村庸礼 等人还把服部其衷、五十川刚伯、下川三省几个儒生介绍到朱的门下。后来安积觉、今井弘济、五十川刚伯、服部其衷、下川三省五人先后成了朱之瑜的近身弟子,并负起年事已高、不谙日语的老师的起居照料、侍奉,对外应酬、联系之责。这五位弟子中数安积觉日后成就最大,和德川光国一起成为日本水户学派的领袖人物。他13岁从师朱之瑜,接受蒙学。后因父亲病故回家奔丧而中辍学业。
绝意仕进朱之瑜生于大明万历二十八年十月十二日(即公元1600年11月17日),卒于明郑永历三十六年四月十七日未时(即公元1682年5月23日),出身官僚士大夫家庭。曾祖名诏,号守愚。祖父名孔孟,号惠翁,一生曾三让皇恩不受。父亲朱正,字存之,号定寰,皇明诏赠光禄大夫,上柱国,并授总督漕运军门,但未任。母亲金氏,生三子:长兄启明,一名之琦;次兄重林,一名之瑾;之瑜排行第三。朱之瑜八岁丧父后,家道中落,生活清贫,甚至影响其读书为学。长兄朱启明,天启五年(1625年)中武进士,后升任至南京神武营总兵,总督漕运军门。朱之瑜就随任长兄寄籍于松江府,为松江府儒学生,拜松江府学者吏部左侍郎朱永佑、东阁大学士兼吏户工三部尚书张肯堂和武进学者礼部尚书吴钟峦等为师,研究古学,尤擅长《诗》、《书》。