德川光国之所以能开创独树一帜、颇有成就的水户历史学派,是和朱之瑜多年的教育、熏陶分不开的。 朱之瑜在日执教,对水户藩和加贺藩影响最大。安积觉、今井弘济、小宅生顺等都是经德川光国介绍对朱之瑜执弟子礼的。加贺藩主前田纲纪也很敬重朱之瑜,执弟子礼,所以他的属臣均拜朱为师。加贺藩的属臣奥村庸礼 等人还把服部其衷、五十川刚伯、下川三省几个儒生介绍到朱的门下。
后来安积觉、今井弘济、五十川刚伯、服部其衷、下川三省五人先后成了朱之瑜的近身弟子,并负起年事已高、不谙日语的老师的起居照料、侍奉,对外应酬、联系之责。
这五位弟子中数安积觉日后成就最大,和德川光国一起成为日本水户学派的领袖人物。他13岁从师朱之瑜,接受蒙学。后因父亲病故回家奔丧而中辍学业。安积觉成年后,回忆起自己之所以能学有成就,是因为当年先生“课程严峻,晨读夕诵,故至今不忘耳”。朱之瑜很喜欢这个体弱多病的学生, 亲自为他题写一本作业簿,督促他“逐日书其功课”。安积觉到了晚年还告诫其孙辈:(舜水先生的)“片言只字,皆藏而宝护之,凡吾子孙,当敬之如神明,其有沦落丧失者非吾子孙。”
朱之瑜对其他几位近身弟子也尽心尽力,爱抚备至。他见下川三省“温存淳谨”,“抚之如慈母,督之如严父”。学生五十川刚伯学有基础,朱之瑜怕他“读书难入易出”,鼓励他不要虚费韶华,更上一层楼。服部其衷初投朱之瑜门下,因思乡不安心学习,朱之瑜既不急促,也不为他祚病所惑, 严格要求,一个月后服部其衷学业大进,和老师的感情也日厚笃深。朱之瑜在日本从事教育20余年,其间,或执弟子礼,或从其质疑问学的学生远不止上述几位。学有成就的,还有林春信、佐左宗淳、人见传等人。
后来的日本学者评价说:“天佑以还,儒学以经世治民为要道,不务空理虚论,皆舜水所赐也……不惟后来明治维新受此良好之影响,即于朱氏学说本身发扬而光大之,其功亦伟矣!”梁启超在评论朱舜水时也说:“中国儒学化为日本道德基础,也可以说由舜水造其端。”“舜水人格极为高尚严峻,所以日本知识阶层受其感化最深。”