朱之瑜的学术博采众家所长,常谓“千金之裘,非集于一狐之腋”,博通经史,最喜《资治通鉴》,长于《春秋》;道德思想方面,主张忠君爱国,推崇苏武、文天祥的伟大人格。正是这种不尚虚华的学风、扎实严谨的学问和刚直崇高的人格,他的学术于日本发扬光大,当时的日本学者以师事朱之瑜为荣,比拟为“七十子之事孔子”。他的学生遍布日本,最著名的有历史学家、《大日本史》的作者安东守约,日本儒学古学派的奠基人、江户时代著名哲学家伊藤仁斋,德川家康的孙子、政治家、儒学“水户学派”的始祖德川光国,江户时代著名经学家山鹿素行、木下顺斋等等。朱之瑜一生著述不甚多,但几乎全在日本所撰,有《朱舜水先生文集》、《安南供役纪事》、《阳久述略》、《释奠仪注》等等。
他论学问,以实用为标准。所谓实用者,一曰有益于自己身心,二曰有益于社会。他说:“为学之道,在于近里着己,有益天下国家,不在掉弄虚脾,捕风捉影。……勿剽窃粉饰自号于人曰‘我儒者也’。处之危疑而弗能决,投之艰大而弗能胜,岂儒者哉?”他对明朝的八股取士深恶痛绝,认为“明朝以制义举士,初时功令犹严,后来数十年间,大失祖宗设科本旨。主司以时文得官,典试以时文取士,竞标新艳,何取渊源。父之训子,师之教弟,猎采词华,埋头哗哔,其名亦曰文章,其功亦穷年皓首,惟以剽窃为工,掇取青紫为志,谁复知读书之义哉!既而不知读书,则奔竞门开,廉耻道丧官以钱得,政以贿成,岂复识忠君爱国,出治临民!”他还娴习艺事,有巧思,“尝为德川光国作《学宫图说》,图成,模之以木,大居其三十分之一,栋梁机椽,莫不悉备。而殿堂结构之法,梓人所不能通晓者,舜水亲指授之,及度量分寸,凑离机巧,教喻缜密,经岁乃毕。光国欲作石桥,舜水授梓人制度,梓人自愧其能之不及。此外,器物衣冠,由舜水绘图教制者甚多。”他在日本虽受人崇拜,但他敢批评日本人心胸狭隘、“量窄意偏”,日后必为中华之祸,“不佞视贵国人,……尝怪周虓,量窄意偏,……所以此念灰冷。”