方以智酷爱自然科学知识,自幼塾中诵读之余,即好穷物理,曾谓“不肖以智,有穷理极物之僻。”(《物理小识》卷五)明清之季,西学东渐,方以智一面秉承家教,以《易》学传世,一面又广泛接触传教士,学习西学。经过孜孜不倦的努力,他终于在哲学和科学两方面都取得了很大成就,达到了相当的高度。方以智学识渊博,《清史稿》本传说:“以智生有异秉,年十五群经子史略能背诵。博涉多通,自天文、舆地、礼乐、律数、声音、文字、书画、医药、技勇之属,皆能考其源流,析其旨趣。”这一评价并不过分,他在许多领域都有自己独到见解。例如,在学术分类问题上,他把学术分为三类,说:“考测天地之家,象数、律历、音声、医药之说,皆质之通者也,皆物理也。专言治教,则宰理也。专言通几,则所以为物之至理也。
方以智逝世后,共有三座墓:江西青原山为衣钵墓;浮山华严寺后为爪发塔;浮山北麓白沙岭“金牛架轭”地为肉身墓。 方以智墓位于安徽省枞阳县城东北四十五公里的浮山北麓,西距安合公路六公里。墓地坐南朝北,依山傍水,由墓冢、祭坛、拜台三部分构成,占地二百一十平方米。墓冢以花岗石相围,墓碑竖于《生事略碑》后,碑上因方氏子孙尊先生反清之志,未署清帝年号。左侧为潘氏夫人之墓。方以智墓冢前为石砌祭坛,并立有近人书刻《方密之先生事略碑》,西边配石刻对联:“博学清操重百世,名山胜水共千秋”。以下依次建拜台三道,迎出山脚。拜台前均有白石栏杆。其第一道拜台有石狮一对,分立左右。台下右侧立大理石标志碑一块。四周松青柏绿,郁郁葱葱,整个墓地居高临下,气势开阔,肃穆庄重。 方以智墓为安徽省级重点文物保护单位。
方以智是安庆府桐城县凤仪里(今桐城市区)人,出身士大夫家庭。方氏是桐城地区这一时期主要的世族。曾祖父方学渐,精通医学、理学,并且能学习诸子百家,融会贯通,自成体系 ,除记录赴东林讲学的《东游记》外,著有《易蠡》、《性善绎》、《桐夷》、《迩训》、《桐川语》等。祖父方大镇在万历年间,曾任大理寺左少卿,著有《易意》、《诗意》、《礼说》、《永思录》、《幽忠录》等数百卷。因方学渐曾受学于泰州学派的耿定理,《明儒学案》把他列入《泰州学案》。外祖父吴应宾,精通释儒,著有《学易全集》、《学庸释论》、《宗一圣论》、《三一斋稿》等。
方以智一生正当明清交替之际,时局动荡,政权更迭频频,使得他个人的际遇也十分坎坷。一生可分三个时期。早期从青年时代到三十三岁,由于仰仗祖上的余荫,尚能过着“衣纨縠,饰驺骑,鸣笳叠吹,闲雅甚都”的富贵文人的生活。中期自甲申从北京逃返南都,又经浙江,福建到两广,从三十四岁到四十二岁,艰苦的十几年流亡在他的思想上打下了深刻的烙印。晚年从顺治九年(1652年)北归,到康熙十年(1671年)六十一岁时,病殁于赣江上万安城外的惶恐滩。这时期潜心学术,写出了大量理论著作。在对现实失望后,放弃了少年时的经世抱负,出家后,虽然看似逍遥法外,但仍不忘救世,讲学宏道,交朋纳友。早期从青年时代到崇祯十七年(1644年)方以智青年时代活动地点主要是南京和桐城,也间或经过江浙各地,最后去北京。