师一日唤门人法海、志诚、法达、神会、智常、智通、志彻、志道、法珍、法如等，曰：“汝等不同馀人，吾灭度后，各为一方师，吾今教汝说法，不失本宗。先须举三科法门，动用三十六对，出没即离两边，说一切法，莫离自性。忽有人问汝法，出语尽双，皆取对法，来去相因，究竟二法尽除，更无去处。”“三科法门者，阴、界、入也。阴是五阴，色受想行识是也。入是十二入，外六尘色声香味触法、内六门眼耳鼻舌身意是也。界是十八界，六尘六门六识是也。自性能含万法，名含藏识。若起思量，即是转识。生六识，出六门，见六尘，如是一十八界，皆从自性起用。自性若邪，起十八邪；自性若正，起十八正。若恶用即众生用，善用即佛用。用由何等？由自性有。”“对法外境，无情五对：天与地对，日与月对，明与暗对，阴与阳对，水与火对，此是五对也。法相语言十二对：语与法对，有与无对，有色与无色对，有相与无相对，有漏与无漏对，色与空对，动与静对，清与浊对，凡与圣对，僧与俗对，老与少对，大与小对，此是十二对也。自性起用十九对：长与短对，邪与正对，痴与慧对，愚与智对，乱与定对，慈与毒对，戒与非对，直与曲对，实与虚对，险与平对，烦恼与菩提对，常与无常对，悲与害对，喜与嗔对，舍与悭对，进与退对，生与灭对，法身与色身对，化身与报身对，此是十九对也。”师言此三十六对法，若解用，即道贯一切经法，出入即离两边。
有一天，慧能大师叫来门徒法海、志诚、法达、神会、智常、智通、志彻、志道、法珍、法如等人，对他们说：“你们和其他人不一样，等到我圆寂以后，你们要成为一方的禅宗领袖，我现在教授你们怎样宣讲佛法，以不失去本教的宗旨。讲佛法时，先要举出三科法门，运用三十六相对法，这样就能自如地讲说，说一切法门，都不要离开本性。假如突然有人向你提问，回答时要语义双关，都要用相对法，来和去互为因果，最终连来和去相对二法也要予以消泯，不执著任何一面。”“所谓三科法门，就是指阴、界、入。阴是五阴，就是色、受、想、行、识。入指的是十二入，就是外六尘色、声、香、味、触、法和内六门眼、耳、鼻、舌、身、意。界是十八界，就是六尘、六门和六识的合称。自己的本性中能包含万种佛法，名叫含藏识。如果心中产生了思量，就是转识。