他的思想比较复杂,而其中最引人注目的,是反叛传统的“异端”倾向。肯定人性的“自然”,是其思想的核心价值范畴。他说:“尧舜与许由虽异,其得于自然一也。”(《自然铭·序》)意谓尧舜为圣人,许由作隐士,都出于自己的生活意欲,他们的选择并无高下善恶之分。《赠栉工王辅序》一文表达了同样思想,认为无论是医卜工贾,还是公卿大吏,谋生方式各异,但都有自己的生存意欲,所谓“耕虽不一,其为不耕之耕则一也”。他希望栉工王辅明白,自己和“公卿大吏”一样,大家都是为了吃饭,尽管方式不同,其间没有贵贱的区别。强调“自然”,当然和《庄子》有关系,但在杨维桢这里,已经全然没有避世和委曲求全的意识,而是用相当平淡的态度来看待人们在社会中的不同生活方式,表现出对自由的生活意欲的尊重。