舒亶在乌台诗案的表现历来成为他人生的污点。舒亶的行为固然有“过头”之处,特别是将苏轼的一些诗句与文章“上纲上线”,确实有悖“君子之道”,为后世所鄙视。但是,他与苏轼主要是由于政见与观念不同而导致的矛盾。苏轼看到了新法实行中的弊端,看到了变法带来的混乱,因此以诗歌形式表达他的意见。而舒亶积极赞成并参与变法,且性格执拗,在他看来,苏轼虽名高天下,但反对变法、诋毁皇帝就是大罪,就是犯法。
此外,弹劾张商英一事,也反映出舒亶类似的文人品性。张商英是新党的重要人物,为四川新津人,与舒亶同为新党中的王(安石)党30人之列,是有恩于舒亶的同党中人。据《宋史》记载,这位权重位高的新党领袖人物,给了舒亶一封信,并将女婿的文章让舒亶指点,结果舒亶不仅不予指点,而且“恩将仇报”,将张商英的信和女婿文章送到皇帝那里,并弹劾张商英以宰辅之重干扰谏官的工作。结果张商英被免职贬为江陵税官。世人由此认定舒亶是恩将仇报的奸人。
据历史资料研究与分析,这件事很可能是《宋史》作了假。《宋史》为元脱脱主编,在二十四史中差错最多,特别是有关舒亶的主要材料取自《邵氏见闻录》,而此书是邵伯温所作,邵伯温是一个充满偏见并偏执的旧党人物,因而此书对新党人物的记载就极不真实。好在同一时代的文献《东轩笔记》记载了这件事,其过程相似,但原因却完全不同。
原来张商英要女婿在科举考试中顺利中举,就想借用舒亶之力,所以写信暗示,另送文章给他以作联络。让张商英想不到的是,舒亶因品性使然,不想因私情而让“有关部门”帮助,从而失去其监察的独立性和公正性。所以他在奏书中写上自己的反感。最后张商英的这种行为受到惩处。
敢作敢为的舒亶被连续委以重任,朝中大臣多怕他弹劾,一些朝官对以舒亶为首的御史台也多有不满。《宋史》载:“举劾多私,气焰熏灼,见者侧目,独惮王安礼。”“多私”未必,但这个时期的舒亶意气飞扬倒很可能是事实,因为他正处在仕途的黄金时期。但由于得罪的人太多,他的仕途不久便黯然中止。
元丰六年,任翰林的舒亶因论奏朝廷钱粮等事与尚书省产生矛盾。也许是神宗为了平衡新旧两党的力量,发话说:“身为执法而罪妄若是,安可置也。命追两秩,勒停。”舒亶就这样被罢免了。尽管以“微罪”罢免,但朝廷一片欢呼,因为对朝官而言,少一个比较会“寻麻烦”的人毕竟不是坏事。当时对此事的记载是“虽坐微罪废斥,然远近称快”。
舒亶黯然回乡,迁居鄞县。那一年他仅42岁,正是人生的黄金时期。于是他迁居于鄞县的月湖畔,名其居曰“懒堂”,一个“懒”字,很可能蕴含着他心中的愤懑与不平?自此后终神宗一朝,没有再被起用。直至绍圣元年,53岁的舒亶才被起用为官,后为朝廷带兵平定了一些地方的反叛,巩固地方统治。崇宁二年,舒亶生病死于军中,终年62岁。