绍圣年间，言官参劾他元□时附和旧党当权者,因而被削官,出知衡州(今湖南衡阳市)。绍圣年间，言官参劾他元祐时附和旧党当权者,因而被削官,出知衡州(今湖南衡阳市)。又有人弹劾他不推行常平仓法，而徙官韶州（今广东韶关市）。因他曾上书辩解，再贬惠州（今广东惠阳县东）别驾。安置编管于英州（今广东英德县东）。徽宗即位，才召为户部、金部郎中，后出任外官，提举永兴路刑狱，帅□延、环庆等路。党论再起，被罢官，不久去世。
孔平仲长于史学,工文词,富于词藻，著有《珩璜新论》、《续世说》、《孔氏谈苑》、《朝散集》等。他的诗富有现实内容，如《铸钱行》揭露铸钱扰民：三更趋役抵昏休，寒呻暑吟神鬼愁。从来鼓铸知多少，铜沙叠就城南道。钱成水运入京师，朝输暮给苦不支。海内如今半为监，农村斗粟却空归。《熙宁口号》数首，有的歌颂新法的成效，有的指出新法的弊病。他的诗豪放流丽、近于苏轼,如《霁夜》：寂历帘栊深夜明,睡□清梦戍墙铃。狂风送雨已何处？淡月笼云犹未醒。
他最称道的前代诗人是杜甫，其《题老杜集》说杜诗“语言闳大复瑰奇”，“不作诸家细碎诗”，并认为杜诗地位在李白、韩愈之上：“吏部徒能叹光焰，翰林何敢望藩篱。”这个看法在当时有一定的代表性，表明诗坛已进入崇尚杜甫的时代。他在此诗中又表示要以杜甫为师，从他的作品中也能看出努力师法杜诗之处，他还以集杜诗的方式写了三十多首诗(《寄孙元忠》)，但总览其诗作，内容不够丰厚，才识魄力也显得不足。
孙平仲与其兄文仲、武仲俱有文名，时号三孔。孔平仲工词藻，故诗尤夭矫流丽，奄有二仲（《宋诗钞·平仲清江集钞》）。有《清江三孔集》40卷，内文仲2卷，武仲17卷,平仲21卷，有《豫章丛书》本和振绮堂钞本。钱钟书认为郭祥正《青山集》续集几乎全是孔平仲作品（《宋诗选注》）。“三孔”，与“二苏”(苏轼、苏辙兄弟)并称。不过就诗歌成就而论，“三孔”远不如“二苏”。在“三孔”中，孔平仲文学才能稍胜，清人吴之振等《宋诗钞·平仲清江集钞》序称孔平仲“工词藻，故诗尤夭矫流丽，奄有二仲”，也就是说孔平仲的诗歌成就涵盖了他的两位兄弟。作为“二苏”同时并受其影响的作家，孔平仲的诗歌有一些类似于苏轼那样的豪放雄迈之作，但风格主要近于苏辙，尤以流丽清整、通畅明快见长。