元丰八年（1085年）九月十三日，李格非为已故同里人、家住明水以西廉家坡村的齐鲁著名隐士廉复撰写《廉先生序》一文，述其平生，证其为人，传其不朽。宋哲宗元祐元年（1086年），官太学录。他专心著述，文名渐显，于宋哲宗元祐六年（1091年），“再转博士，以文章受知于苏轼”，与廖正一、李禧、董荣同在馆职，俱有文名，称为苏门“后四学士”。同年十月，哲宗幸太学，李格非奉命撰《元祐六年十月哲宗幸太学君臣唱和诗碑》。元祐四年（1089年），官大学正。绍圣元年（1094年），章惇为相，立局编类元佑诸臣章疏，召李格非为检讨，拒不就职，因而得罪，遂被外放为广信军（今河北徐水遂城西）通判。任职期间“有道士说人祸福或中，出必乘车，氓俗信惑。格非遇之途，叱左右取车中道士来，穷治其好，杖而出诸境”。