26岁入太学,深得杨时的器重。徽宗当政时,在开封建艮岳,令各地进贡奇花怪石放置其中供赏玩,宋宣和元年(1119年),邓肃呈《花石诗十一章并序》批评那些借献“花石纲”以营私利的阿谀奉承之徒是“饱食官吏不深思,务求新巧日孳孳”。诗中还写道“但愿君王安百姓,圃中无日不东风”。当朝权臣见诗大怒,将邓肃逐出太学,贬回故里。邓肃义无反顾,挥笔写下“填海我如精卫,挡车人笑螳螂。六合群黎有补,一身万段何妨”的诗句,表现了崇高的气节。靖康元年(1126年),在复职后的李纲的举荐下,宋钦宗于便殴召见邓肃,赐以进士出身,补承务郎,并授以鸿胪寺主簿之职。同年十二月,邓肃奉命押送金兵勒索的道释版籍前往金营,被扣为人质,在金营的50余天,邓肃毫无奴颜媚骨,镇定自如,借机察看敌营,了解军情。