早年经历咸通五年（864年），萧遘考中进士，被授为秘书省校书郎、太原从事，后升任右拾遗，累迁至起居舍人。咸通十三年（872年），韦保衡拜相。萧遘与韦保衡虽是同科进士，但却素来不睦，因此被贬为播州司马。累职拜相咸通十四年（873年），韦保衡获罪赐死，萧遘被征召回朝，担任礼部员外郎，改任考功员外郎、知制诰。乾符元年（874年），萧遘被任命为翰林学士、中书舍人，后累迁至户部侍郎、翰林承旨。广明元年（880年），黄巢起义军进犯长安。唐僖宗出逃，任命萧遘为兵部侍郎、判度支，让他掌握财赋。中和元年（881年），唐僖宗到达西川。萧遘被任命为中书侍郎、同平章事，并兼任吏部尚书。中和三年（883年），武宁节度使时溥中毒，怀疑是判官李凝古所为，因此将其杀死。
据《新唐书·宰相世系表》记载，萧遘出身于兰陵萧氏，是后梁明帝萧岿的后人，他的五世祖萧嵩、高伯祖萧华、曾祖萧复、族祖萧俛、萧仿、父亲萧置，都曾在唐朝担任宰相。而根据《萧江全谱》、《溪南江氏族谱》等谱牒记载，萧遘生有七子，其次子萧祯，在朱温篡唐之时，指江为姓，改姓为江，隐居在徽州（今安徽歙县），是为萧江氏一世祖。
王铎是萧遘科举时的主考官，唐僖宗在蜀地时，二人同时拜相。一次，僖宗召见宰相，王铎不慎跌倒，萧遘从旁将他扶起。僖宗非常高兴，道：“宰相和睦，是我的幸事啊。”又对萧遘道：“你能尊重长者，我很高兴。”萧遘答道：“臣扶王铎不仅仅是尊重长者，臣还是王铎的门生。”僖宗笑道：“王铎选进士，朕选宰相，都没有亏负卿啊。”