裴耀卿曾上表朝廷,认为封禅如若扰民就不算完满成功。东封结束后,唐玄宗在宋州宴请随驾官员,对宰相张说盛赞三位地方官,其中便有裴耀卿。唐玄宗还将裴耀卿的表文带在身边,提醒自己要爱护百姓。
父亲裴守真,官至邠、宁二州刺史。兄弟裴子余,官至给事中。裴巨卿,官至卫尉少卿。裴幼卿,官至洛阳县尉。裴侨卿,官至起居郎。裴春卿,官至太子中允。裴昱,官至鼓城县令。儿子裴遂,官至太子司议郎。裴泛,官至梁州都督。裴汯,官至秘书少监。裴综,官至吏部郎中。裴皋,官至给事中。裴延,官至通事舍人。
早年经历裴耀卿自幼聪敏,后考中童子举,二十岁时便被任命为秘书省正字、相王府典签。相王李旦对他非常器重,让他与府掾丘悦、文学韦利器一同在王府轮值,以备顾问,称为学直。累职升迁景云元年(710年),李旦继位,是为唐睿宗。裴耀卿被授为国子监主簿,后历任詹事府府丞、河南府士曹参军、考功司员外郎、右司郎中、兵部郎中。开元元年(713年),唐玄宗任命裴耀卿为长安令。当时,长安县实行配户和市法,以官府名义按户征购财物,百姓深受其苦。裴耀卿到任后,改征豪富之家,并预先支付钱款,杜绝奸邪欺瞒的弊病。他在长安任职二年,宽严得当,离任后受到百姓怀念。开元十三年(725年),裴耀卿担任济州刺史。不久,唐玄宗封禅泰山,路经济州。