第一段
交代溪水的地形方位──“灌水之阳”，“东流入于潇水”，介绍两种不同的命名──有的给这条溪冠以姓氏称为“冉溪”，有的根据溪水可以染色称为“染溪”，叙出改名的原因有三：一是作者“以愚触罪”，贬谪到此；二是古代就有“愚公谷”之说；三是当地居民为溪水的命名争辩不休，“故更之为愚溪”。而这条溪水，又是那么幽深浅狭，对人并没有什么益处，所以称它为“愚溪”。
第二段
由“愚溪”带出“愚丘”“愚泉”，从“愚泉”生出“愚沟”“愚池”，而“东为愚堂”“南为愚亭”“中为愚岛”，又就“愚池”着眼写出。叙出“八愚”，紧扣诗题。
第三段
先借孔子《论语》中“智者乐水”正说，接着笔锋一转，极状溪之不适于用，依次说出“独见辱于愚”的原因：“不可以灌溉”，“大舟不可入”，“不能兴云雨”。愤慨于自己才能的被压抑，如同愚溪的虽有“山水之奇”而“无以利世”。
第四段
引《论语》中宁武子“智而为愚”、颜子“睿而为愚”，来衬托自己的“愚”，最后又归结到溪水的命名上。正话反说，词兼褒贬，自有一番深意。前四段，可以说，既嘲尽愚溪，又自嘲不已。
第五段
用“溪虽莫利于世……”几句，与第三段“无利于世”抑扬对照，代溪解嘲；以“予虽不合于俗……”诸语，与第四段“违于理，悖于事”抑扬对照，自我解嘲。名为“愚”，实则不愚。遂将溪之愚、己之愚写作一团，达到了“茫然而不违，昏然而同归”，形神俱忘的化境。末尾一句点题作结，归到序诗。
他把愚溪的纯洁秀美和自己的高尚情操、文学才能联系起来，把对愚溪不能有益于世的惋惜心情和对自己抱负不能施展的抑郁情绪融合在一起。他深深感到，能够赏识这地处荒山野地的寂寞美丽溪水的只有柳宗元，而能够安慰这怀才不遇、被贬谪到这荒远地区的柳宗元的，也正是这溪水。看来愚溪碰到了最合适的主人，而柳宗元在这里也找到了最合适的住所了。然而，这些话的字里行间，蕴蓄着多少愤懑不平的声音!