大元十二年(公元兆7年)，青、兖两州刺史在征得荆州刺史殷仲堪的支持下，以讨伐司马道子的朋党王国宝、王绪为由起兵，使东晋战火又起。隆安三年(公元399年)秋，道教首领孙思趁机聚众反晋。他从海上攻上虞(今属浙江省)，杀县令，袭据会稽，杀内使王凝之，拥军数万，会稽、吴郡、吴义、义兴、临海(今浙江临海东南海滨)、永嘉(今浙江温件怖)、东阳(今浙江金华市)、淳安(今浙江淳安西北)等八郡纷纷响应，孙思率大军，准备进攻建康。刘牢之指挥北府兵前去镇压，连败孙恩军，孙恩率众20万退入海中。隆安四年(公元400年)，孙恩重新攻打上虞，随后击杀谢谈。刘牢之率兵进攻孙恩，孙思败退入海岛。隆安五年(公元40年)，孙思军沿海北上到长江口，攻杀驻防沪读(今上海市)的晋国内史袁山松。然后以兵士 10余万，船只2000多艘进攻建康。与晋廷所派刘牢之决战于京口，孙恩大败，损失惨重，再次退人海岛。元兴元年(公元402年)，孙恩举军攻临海，失败后投海自杀。