赵南星，字梦白，高邑人。万历二年(1574)进士，授职汝宁推官。行为廉洁，治理太平，逐渐提升为户部主事。张居正卧病，朝廷大臣都为他祈祷，赵南星与顾宪成、姜士昌不去。张居正死，调任吏部考功郎中，称病回家。
起用担任文选员外郎。上疏陈述天下四大害，说：“杨巍乞求退休，左都御史吴时来图谋取代他，忌恨户部尚书宋纟熏的声望，接连上疏排挤他。副都御史詹仰庇极力谋取吏部和兵部的侍郎。大臣尚且如此，拿什么来责备小臣，这是不正当的求进之害。礼部尚书沈鲤、侍郎张位、谕德吴中行、南京太仆寺卿沈思孝相继自行离职，只有南京礼部侍郎赵用贤在位，词臣黄洪宪一帮人每每背后讲他的坏话，言官唐尧钦、孙愈贤、蔡系周又公开地诋毁诬蔑他。不能容忍正直的人而使小人得志，这叫作倾轧排挤之害。州县官员的选拔任用过于随便，部、寺的官员不超过一月便可当上省级官长，不考察他的才干品行。而巡抚、按察使品评人物全看是否对自己有利，不是说还差得远，就是说资历太浅，一概不加升迁或降职。本意以为是爱惜人才，却不知这实在是爱惜庸才。吏治一天天地污秽，民生一天天衰竭，这叫做地方州县之害。退休大官的权力比郡守县令还大，横行乡里，无所顾忌，谁也奈何不得。像渭南知县张栋，治理品行之好，找不出第二个来，约束抑制退休居乡官员，结果被人谗言中伤没有获得升迁，这叫作乡官横行之害。这四害不除，国家就不可能得到治理。”
奏疏出来后，朝中议论称是。而疏中所抨击的全都是当朝庇护的，于是给事中李春开站出来反驳他。李春开的奏疏先交给廷议，赵南星几乎被贬。给事中王继光、史孟麟、万自约，部下姜士昌、吴正志一起帮赵南星攻击李春开，并且揭发吴时来、詹仰庇、黄洪宪诬陷忠良、阿谀奉承的情形。李春开为之丧气，而赵南星最终因病回家。再次起用，担任考功郎中。
万历二十一年(1593)，考核在京官员，跟尚书孙钅龙一起秉公执法，淘汰选择，澄清吏治。首先贬黜他亲近的都给事中王三余和孙钅龙的外甥文选员外郎吕胤昌，其他依附政府的人连大学士赵志皋的弟弟都不能幸免。政府难以承受。给事中刘道隆于是弹劾吏部建议留任被纠察的庶僚不合法。皇帝下旨，认为赵南星等人擅权培植自己的党羽，将他降官三级。不久由于李世达等上疏挽救，贬斥赵南星为平民。后来议论挽救他的人都受到谴责，孙钅龙也离开了他的职位，一时间好人几乎全走光了。详情见《孙钅龙传》。
赵南星定居乡里，名声更大，与邹元标、顾宪成号称为海内三君子。朝廷内外上疏议论推荐他的不下百十起，终于没被起用。
光宗即位，起用为太常寺卿。不久改任右通政，提拔为太常寺卿。到任后又提升为工部右侍郎。数月之后，授官左都御史，慷慨激昂地把治理国家当作自己职责。天启三年(1623)考核在京官员，因原给事中亓诗教、赵兴邦、官应震、吴亮嗣在万历朝时结党营私、扰乱朝政，建议贬黜他们。吏科都给事中魏应嘉极力不同意。赵南星著《四凶论》，终于同考功郎程正已认定四人不合做官体统，其他考核汰除情形，完全跟他做考功郎中时相同。浙江巡按张素养举荐部内的人才，包括了姚宗文、邵辅忠、刘廷元。赵南星揭发他的错误，张素养被定罪剥夺俸禄。在此之前，巡抚地方的人有提拔举荐人才的先例，赵南星已上疏制止了。而陕西高弘图、山西徐扬先，宣府、大同李思启，河东刘大受，还按旧例继续实行。赵南星一并上疏弹劾他们，巡抚地方的人这才知道畏惧法令。
不久替代张问达为吏部尚书，这个时候，人人千方百计奔走于升迁之道，贿赂公行，言官尤为横行，每逢文选郎外出，就在半道上将他拦住，替别人求官，得不到满足就说他的坏话，，或者把他赶走。选官即使公正行使权力，也无法奈何他们，尚书也只有叹息而已。赵南星一向憎恨这弊端，锐意改革，一意推行自己的想法，政府官员和太监权贵也不能对他有什么请求，各人害怕他的刚毅严肃也不敢有什么冒犯。有一位给事赀郎请求盐运司的官职，赵南星就将赀郎注籍在王府里，而将给事派往外地。知县石三畏一向贪财，巴结权贵将要调任京职，赵南星也把他安置在王府里。当时进士没有在王府做官的，赵南星却不顾惜。
魏忠贤向来推重他，曾在皇帝面前称赞他的才干。有一天，派遣内亲傅应星介绍一位中书拿着礼物来拜见他，赵南星把他赶走了。曾与魏忠贤一起坐在弘政门下，选拔通政司的参议，态度严肃地对魏忠贤说：“皇上年幼，我们这些朝廷内外的臣子应该各自努力做好事。”魏忠贤一声不吭，愤怒之情溢于言表。大学士魏广微，是赵南星的朋友魏允贞的儿子，向来以世交子弟抚养他，魏广微进入内阁，曾三次到赵南星家，都被拒之门外，又曾经感叹说：“见泉没有儿子。”见泉是魏允贞的别号。魏广微恨之入骨，与魏忠贤相勾结来陷害赵南星。
东林党势力昌盛，大批正直的人充盈朝廷。赵南星加倍寻找举荐被遗漏的东林党人，把他们安排在各个部门。高攀龙、杨涟、左光斗执掌法令；李腾芳、陈于廷辅助选举；魏大中、袁化中主管科道；郑三俊、李邦华、孙居相、饶伸、王之肕等人全部放在部里执政。而这四司的下属官员邹维琏、夏嘉遇、张光前、程国祥、刘廷谏也都受到民众的称颂。朝廷内外欣喜地期望能有所作为，而小人侧目，更想赶走赵南星。给事中傅魁以邹维琏改任吏部自己不知道为由，首先凭借汪文言发难，弹劾赵南星改变旧制，培植私党。邹维琏引咎辞职，赵南星上疏挽留他，小人更加不满。正好杨琏上疏弹劾魏忠贤，宫中太监与政府官员更加对立，势同水火。赵南星于是闭门乞求退休，皇帝不同意。
高攀龙弹劾崔呈秀，赵南星疏论让他充边。崔呈秀处境窘迫，连夜跑到魏忠贤的住处，叩头哀求，说：“赵南星、高攀龙、杨涟等人不走，我们二人将不知死在哪里啊。”魏忠贤认为的确是这样的，于是和他一起制定阴谋。恰巧山西巡抚空缺，河南布政使郭尚友想得到它。赵南星认为太常寺卿谢应祥有好名声，将他列在第一位请求皇帝批准。已经获得圣旨恩准，御史陈九畴受魏广微的指使，说谢应祥曾出知嘉善，魏大中是他的门生，魏大中以师徒关系的缘故，同文选郎夏嘉遇商量启用他，徇私舞弊理当斥责。魏大中、夏嘉遇上疏争辩，语言涉及陈九畴。陈九畴再次上疏极力诋毁，二疏一起交给部里讨论。赵南星、高攀龙确切指出谢应祥是因为在群众有声望而被推荐的，魏大中、夏嘉遇没有私情，陈九畴的胡说不能相信。魏忠贤大怒，假传圣旨废黜魏大中、夏嘉遇，连同陈九畴一同被废黜，而斥责赵南星等人相互勾结、结党营私。赵南星立即引咎辞职，魏忠贤再次假传圣旨痛切责备他，放赵南星回家。第二天，高攀龙也引咎辞职。给事中沈惟炳上疏挽救，也被流放在外。不久因为会同推举官员违背魏忠贤的意思，同时排斥陈于廷、杨涟、左光斗、袁化中，把赵南星摈弃了的徐兆魁、乔应甲、王绍徽等人安排在政府要害部门，小人竞相升迁，国家大权都被魏忠贤夺去了。
魏忠贤及其党徒非常憎恨赵南星。每当假传皇帝下诏、告示时，总是把他看作罪魁祸首。于是御史张讷弹劾赵南星十大罪状，并且弹劾邹维涟、程国祥、夏嘉遇以及王允成。得皇帝旨，将他们全部削籍为平民。叫人再次上奏赵南星的同伙，张讷又列上李邦华及孙鼎相十四人的名字，统统将他贬职废黜了。自此被赵南星摈弃的人，没有不被提拔任用的。他向来所推重奖赏的人，全都遭到了意想不到的灾祸。那些希望迅速谋求进身为官的人，一旦攻击赵南星，便随心所欲，为所欲为。石三畏也被起用任命为御史，上疏攻击赵南星以及李三才、顾宪成、孙丕扬、王图等十五人。已经死亡的都剥夺官职，有官职的祸害更加惨烈。不久因为汪文言的供词涉及到赵南星，交给抚按审讯。正好郭尚友巡抚保定，而巡抚马逢皋也怀恨赵南星，于是相邀在朝廷上侮辱他，用竹板打他的儿子赵清衡和外孙王钟庞，将他们下狱，让赵南星赔偿赃款一万五千两银子。赵南星家一向贫穷，靠亲友捐助才将官司了结。最后将赵南星发配代州，赵清衡流放庄浪，王钟庞谪戍永昌。嫡母冯氏，生母李氏，都由于哀痛过度而死。七岁的儿子也由于受惊吓死去了。赵南星到达发配地，安然自处。
庄烈皇帝登基，下诏赦免让他返京。巡抚牟志夔，是魏忠贤的死党，故意推迟派送，赵南星最终死在发配的地方。崇祯初年，赠太子太保，谥号“忠毅”。傅槐、崔呈秀、魏广微、陈九畴、徐兆魁、乔应甲、王绍徽、张讷、石三畏、郭尚友、牟志夔，都与“逆案”相牵连，为世人所憎恶。
邹元标，字尔瞻，江西吉水人。九岁通晓“五经”。泰和人胡直，是嘉靖时的进士，官做到福建按察使，师从于欧阳德、罗洪先，得到王守仁学说的真传。邹元标年轻时跟胡直交游，就有志于学术探讨。万历五年(1577)中进士，在刑部学习政事。
张居正专权，邹元标上疏痛切规劝。并且说：“陛下以为张居正对国家有利吗？张居正论才干虽然有所作为，学术根基却非正途；志向虽然远大，却过于刚愎自用。他的一些政策措施不合情理，比如州县入学的人数，限定为十五六人。有关官署迎合他的旨意，更加减少数量。这是选拔贤才的路子不广。各地判决囚犯，也有一定的数量，有关部门害怕受处分，数量上一定追求有所富余。这是刑罚实施得太无节制。大臣拿了俸禄苟且偷生，小臣害怕获罪保持沉默，有的人今天陈述意见，明天却遭到了谴责。这是上下言路没有通畅。黄河泛滥成灾，老百姓有的以荒草地为家，以喝水充饥，而有关部门却充耳不闻。这是老百姓的疾苦没有得到救济。其他诸如任用残酷的官员，埋没杰出的人才，真是举不胜举。臣恭恭敬敬地读皇帝的诏示，上面说道：‘朕的学业还没有完成，志向还没有确定，先生就离开了我，将使前功尽弃了。’陛下还这样说，真是国家无尽的福份啊。虽然如此，辅助完成皇上的学业，协助树立皇帝的志向的人，不能说朝廷就没有啊。幸好是张居正遭遇父母丧事，还可以挽留，倘若不幸就此离去，陛下的学业莫非就此不得完成，志向莫非终究不能确定么？臣看到张居正的上疏说：‘世上先有非同寻常的人，然后才能做非同寻常的事。’这是把奔丧看作事而不屑于去做的人。谁不知道人只有恪守仁、义、礼、智、信五种道德伦理才能成其为人。现在这个人，父母活着时不去照顾，父母死了不去奔丧，还自我吹嘘为非同寻常的人，世道人心不认为他丧失天良，就认为他是猪狗禽兽，这能叫作非同寻常的人吗？”
奏疏写好，放入怀中然后上朝。正好赶上吴中行等人受廷杖刑。邹元标等打完棍子后，把奏疏拿出来交给中官，哄骗他说：“这是请假的奏疏。”等奏疏呈上后，张居正十分恼怒，也将邹元标打了八十棍子，贬职流放都匀卫，都匀卫位于万山丛中，与少数民族杂居，邹元标处之泰然。更加专心研究理学，学问得到很大的进步。巡抚御史受张居正的指使，将要陷害邹元标。路过镇远在那里住宿，一个夜晚，御史突然死了。
邹元标流放了六年，张居正死，征召授官吏科给事中，首先陈述培养道德观念、亲近大臣部属、严肃法令准则、尊崇儒家品行、整顿地方吏治五件事。不久弹劾罢免礼部尚书徐学谟、南京户部尚书张士佩。
徐学谟是嘉定县人。嘉靖年间担任荆州知府。景恭王分封德安，想夺取荆州城北面的沙市地盘，徐学谟坚持不给他，被景恭王弹劾。交给抚按官审问，改到别的地方当官。荆州人感激他，把沙市称作“徐市”。张居正跟他一向很好。万历年间，积官至右副都御史，巡抚郧阳。张居正回家处理父亲的葬事，徐学谟小心地为他服务，征召授官刑部侍郎。过了二年，提拔为礼部尚书。自弘治以后，礼部长官不是翰林出身不予任命。只有席书因为说“大礼”的缘故，由其他官署调任；万士和不是翰林，但他先担任过礼部侍郎。徐学谟直接被任命为礼部尚书，朝廷大臣因为张居正的缘故，没有人敢说话。张居正死，徐学谟赶忙跟大学士申时行结为亲家以巩固自己的地位。等到奉皇帝命令选择寿官，通政参议梁子琦揭发他先是巴结张居正，然后依附申时行。下诏剥夺梁子琦的俸禄。邹元标接着揭发他，于是命令他辞官回家。
慈宁宫遭火灾，邹元标又上疏陈述有关时事政治六件事。其中说道：“臣先前进献无欲望的教诲，陛下尝试自我检查，是真没有欲望呢，还是节制了欲望？俗话说：‘要想人不知，除非己不为。’陛下的确应该尽快彻底地自我检查，着意节制自己的欲望。”这个时候，皇帝正当壮年，沉迷于声色巡游、宴席，以为邹元标指责自己，很不高兴，降旨责怪他。首辅申时行因为邹元标是自己的门生，却弹劾罢免了他的姻亲徐学谟，也心怀不满，于是把他贬职为南京刑部照磨。调任兵部主事。征召改任吏部，提升员外郎，因病免职。后起用候补验封。陈述吏治十件事，百姓疾苦八件事，奏疏接近一万言。文选员外郎空缺，尚书宋纟熏请求任用邹元标，很久都没有消息，宋纟熏接连上疏催促。给事中杨文焕、御史何选也帮着说话。皇帝发火了，斥责宋纟熏，将杨文焕、何选贬到外地，而将邹元标调往南京。刑部尚书石星为他辩论，也遭到皇帝的责备。邹元标在南京过了三年，称病回家。很久之后，起用为本部郎中，不去赴任。不久母亲死，定居乡里讲学，跟他学习交游的人一天比一天多，名气也越来越大。朝廷内外上疏举荐被遗失的人才，共有几十甚至百道奏疏，没有不把邹元标列在第一位的，终于不被起用。在家隐居将近三十年。
光宗即位，征召授官大理寺卿。未到任，提升刑部右侍郎。天启元年(1621)四月回到朝廷，首先进呈“中和”的言论，说：“现在国家这个样子，都是二十年来各大臣纷争酿造成的。过去不选拔人才、礼让贤能，却天天嫉贤妒能，压制人才，讨论事情的人又不能心平气和，反而专门致力于分立门户派系。卑臣以为今天最要紧的，只是朝廷大臣彼此和睦而已。朝廷大臣和睦了，天地之间自然就和顺了。以前讨论人和事，每个人都心怀偏见，偏见导致迷乱，迷乱导致固执，固执转而自私，不再知道有别人，国家的灾祸就降临了。现在跟各大臣立一个约定，讨论一个人应该公平，不要轻易下笔做结论；讨论一件事应该借鉴以前的经验，考虑它的后果，不要不加思考、轻信传闻。用天下万世的良心，来衡量天下万世的人和事，则议论公平，而国家能享受安定和平的幸福。”于是推荐涂宗浚、李邦华等十八人。皇帝优先下诏，嘉奖并接受了。过了二天，又陈奏发掘选拔人才、理财振军等数事以及保证安宁的四项规条。并请求征召录用叶茂才、赵南星、高攀龙、刘宗周、丁元荐，而抚恤、登录罗大..、雒于仁等十五人。皇上也赞同接纳。
当初，邹元标站在朝廷上，正直威严，令人生畏，晚年努力争取做到和睦平易。有人议论他赶不上刚开始做官的时候有气魄。邹元标笑着说：“大臣跟言官是有区别的。风度超绝，是言官的事情。大臣关心的不是大的利益和损害，就是应当保护扶持国家，怎么能像年轻人那样怒形于色呢？”这时结帮拉派十分兴盛，邹元标讨嫌这种做法，想改正这种陋习，所以他举荐引用的人不拘一格。曾经想推举任用李三才，因言路不通，邹元标没有坚持。王德完讽刺他首鼠两端，邹元标也不计较。南京御史王允成等人以为他们二人有矛盾，请求皇帝下诏调解。邹元标说：“我与王德完从来没有矛盾，这一定是有人在从中捣鬼。我曾跟朝中大臣说：‘当今皇帝年幼，敌人就在国门边上，只有同心协力、同舟共济了。倘使再党同伐异，对国家来说就是不忠，对家庭而言就是不孝。世上自有不偏袒、不结党的正道，为什么总是在窝里斗个没完呢？’”皇帝即位已经很久，但前朝被废黜、死亡的各臣还没有得到赠封照顾，邹元标再次上疏阐述抚恤大典，言辞更为恳切。
这年十二月改任吏部左侍郎。未到任，授官左都御史。第二年主管在外地官员的考核，离职或是留任全凭公论。御史潘汝祯、过庭训一向有人议论。等过庭训官期任满，潘汝祯的评价充满了赞扬的话。邹元标上疏弹劾，二人一起称病离职。不久，邹元标说丁巳年(1617)对京官的考核不公正，专门打击压制跟自己意见不一致的人，请求皇帝收留录用章家祯、丁元荐、史记事、沈正宗等二十二人。由此各臣多得到平反昭雪。又说：“公开下诏征召被遗失的人才，但各老臣的官阶还是三十年前就应该得到的，应该增加三品抬高他们的官级，表示陛下褒扬尊敬年高德重之人的美德。”皇帝采纳了他的意见。于是北京和南京的太常寺、太仆寺、光禄寺三卿各增加了二个名额。
孙慎行议论“红丸案”，邹元标也上疏说：“人类所以存在，是因为有三纲五常。三纲五常所以确立，是因为有信史。我去年乘船经过南中，南中的知识分子都说先皇帝突然驾崩，死因不清楚，传闻不可轻信。我开始还不以为然。等到进入北京城，跟人说起先皇帝有大德，应该尽快记入信史。各大臣说：‘提到先皇帝弥留之际的大事，叫人停笔不敢下，有谁敢担当这个责任？’我开始对前些天听到的话有了怀疑。首辅方从哲不伸张讨伐逆贼的正义，反而实行奖赏奸细的法令，即使是无心做事，又怎么向世人解释交待。况且方从哲执政七年以来，没有听说有什么建树，只听见说骑在马上一天打三次仗，损失我国十万士卒。请问是在谁当政期间，使先皇帝受到震惊，奸邪之人闯入内宫、豺狼当道，扰乱朝政？方从哲如何回答？从来惩戒乱臣贼子，都是依靠信史。信史耽误于今天，不知到何时才能写成？”当时刑部尚书黄克缵观望内廷的意图，小官吏们都跟着他，而方从哲世代定居京城，盘根错节的关系不少，崔文升一帮人迎合内廷，极力追究孙慎行和大家的议论，都不能陈述。不久，孙慎行和王纪一起被驱逐，邹元标上疏挽留，皇帝不听。
邹元标自从回到朝廷以来，不危言耸听，不发表过激言论，对于事物没有猜疑。然而奸诈小人因为他是东林党人，还是忌恨他。给事中朱童蒙、郭允厚、郭兴治担心明年考核京官对他们不利，暗地里想办法赶走他。正好邹元标同冯从吾创建首善书院，集合志同道合的人讲学，朱童蒙首先请求禁止。邹元标上疏辩论请求辞职，皇帝已经安慰挽留，郭允厚又上疏弹劾，语言尤其荒谬没有根据。而魏忠贤刚刚大权独揽，传旨说宋朝之所以灭亡是因为讲学，将要严加谴责。叶向高极力辩解，并且乞求一起辞职，这才下了道温和的诏书，郭兴治和郭允厚又交相上疏大力攻击，郭兴治竟然把他们比作山东的“妖贼”。邹元标更加坚定地接连上疏请求离职，下诏加赠太子太保，乘驿车回家。闭门谢客，进呈《老臣请去国情深疏》，一一陈述军国大计，而规劝皇帝节制欲望，人们争相传诵。天启四年(1624)死在家里。第二年，御史张讷请求拆毁天下的讲坛，极力诋毁邹元标，魏忠贤于是假传圣旨剥夺他的官籍。崇祯初年，赠太子太保、吏部尚书，谥号“忠介”。
孙慎行，字闻斯，江苏武进人。年轻时听到外祖父唐顺之的绪论，就十分喜好读书。万历二十三年(1595)，考中进士第三名，授职编修，积官至左庶子。几次请假定居乡里，闭门绝交，精心钻研理学。有人求见，都不接纳，有人向他询问政事，他也不回答。
万历四十一年(1613)五月从少詹事提拔为礼部右侍郎，代理本部事务。正在这时，城郊祖庙大规模宴享各礼节，皇帝有二十多年没有亲自主持，东宫太子停止讲读已有八个年头，皇帝长孙九岁了还没有请外面的老师，瑞王二十三岁尚未成婚，楚王同族的人禁锢很久没有释放，代王废除大儿子立小儿子，好久都不更正，臣子的奏章上疏全部扣留禁中，福王府庄田超过四万顷。针对上述情况，孙慎行痛切进谏。此后，考虑到东宫太子开讲，皇帝孙子请老师，关系到宗庙社稷的安危，上疏多达七八次。代王废除长子朱鼎渭，立爱子朱鼎莎，李廷机当侍郎的时候主持这事，这以后，大臣们上疏一百多道争论，皇帝都不省悟。孙慎行多次上疏力争，才得以改正。楚王族人打死巡抚赵可怀，为首的六个人处以死刑，又将朱英女蕉等二十三人囚禁在监牢里面，将朱蕴钫等二十三人关押在很远的地方。孙慎行极力辩白他们并非谋反，各人因此得以释放。皇太子虽已确立，福王还滞留京城，需要四万顷庄田才离开，势利小人多暗中侦察。朝臣请求让福王回王国的人越多，皇帝就越推迟他的行期。孙慎行上疏十几次，都不见省悟。最后，贵妃又请皇帝挽留福王庆贺太后七十年的寿辰，大家的议论更加纷扬。孙慎行于是联合文武大臣跪在宫殿前极力请求，大学士叶向高也竭力争辩。皇帝不得已，答应明年阴历三月让他回王国，大家的情绪才安定下来。
韩敬议论科举考试，孙慎行准备废黜韩敬。他在家乡居住时一向在东林讲学，韩敬的同党很忌恨他。正好吏部侍郎空缺，朝廷议论让李志改任吏部左侍郎，孙慎行为右侍郎，任命都还没有下达。御史过廷训于是说李志未到任，何必再推举孙慎行，给事中亓诗教附和他。孙慎行于是四次上疏请求回家，到城外等候命令，皇帝于是同意了。不久考核京官，御史韩浚等人因为催促福王回国，认为孙慎行求取功名，把他的名字写进纠察过失的上疏中，皇帝清楚他无罪，孙慎行幸免于难。
熹宗即位，征召授官礼部尚书。当初，光宗皇帝病情加重，鸿胪寺丞李可灼进献红铅药丸，不久皇帝驾崩，朝廷大臣轮流上书弹劾他。大学士方从哲草拟圣旨让他称病回家，赠送给他金币。天启二年(1622)四月，孙慎行回到朝廷，上疏说：
“先皇帝死得这么快，虽然说有旧病，实际上是治病的人用药不慎重。读官府的报纸，得知李可灼的红丸是首辅方从哲进献的。李可灼不是宫内太医，红丸不知道是什么药，却竟敢那么快地进献给皇帝。往昔许悼公喝太子药而死，太子就自杀了，《春秋》还记载为弑君。然而方从哲应该如何处置？快点拿剑自杀向先皇帝谢罪，是上等行为；关了门躺在草席上，等候司法部门处理，是次等行为。他却竟敢如此凶狠不加任何考虑。等到满朝大臣一起攻击李可灼时，方从哲只是命令他回家休整，难道不是因为自己举荐了李可灼，恐怕跟他一起受处分吗？我以为方从哲纵然不是有心弑君，却造成了弑君的事实；想要洗刷弑君的罪名，难逃弑君的事实。《实录》中如果想要替君父避讳，不得不直接写上方从哲连续进献二颗药丸，皇帝片刻驾崩，恐怕到了后代，要想真相大白于天下，是不能够了。
“然而方从哲的罪行实在不止于此。首先有皇贵妃想立为皇后的事情。自古以来没有皇帝一死就立皇后的。倘若不是礼官上疏，言路极坚持，岂不是要嫁祸于国家吗！其次有谥号皇祖为恭皇帝的事情。遍考晋、隋、周、宋各朝，凡是末代亡国的君主都谥号为“恭”，方从哲却将它加在我朝皇祖的头上，难道真是不学无术，实际是在诅咒我国已经快要亡国了，其居心何在？最后有选侍垂帘听政的事情。刘逊、李进忠这二个些微小臣，何至于如此大胆，口出狂言。或以为二小臣早就把黄金宝物送到方从哲家，如果不是九卿、台谏极力请求移宫，选侍一旦得志，陛下将无立足之地。听说那时方从哲迟迟不肯进奏，科臣催促他，他却说迟几天没关系。放任太监肆意嚣张，忍心看着皇上不安，做大臣的应该像这样无动于衷么？
“我在礼部说有关礼的事情。他罪恶滔天，毫无生路可言。至于其他督战误国，欺上徇私，纵情声色，践踏国法，冒犯天下名义，酿成国家灾害的罪行，我不能一一列举。陛下应立即声讨这贼臣，以雪不共戴天之仇。不要问身旁的人，身旁的人都是方从哲巴结好了的。不要拘禁忌讳的人，那些人都是方从哲布置好了的。请求皇上立即诛杀李可灼，以泄神人之共愤。”
当时全国都痛恨方从哲，孙慎行的言论虽过于尖刻，然而大家都认为他说得对。看到身边亲侍多为方从哲说话，皇帝于是说：“方从哲一向忠诚小心，李可灼进药本是先皇帝的意思。你的话虽出于忠诚爱护，事情却是传闻。连同进封、移宫等事情，当天九卿、台谏官亲眼看到的，当据实上报，用以释解大家的疑虑。”于是方从哲上疏辩解。刑部尚书黄克缵偏袒方从哲，也为他曲意辩解。孙慎行又上疏驳斥，说：“此前过于相信李可灼，罪在轻视进药；此后曲意庇护李可灼，罪在不声讨盗贼。二者都不能开脱弑君的罪名。方从哲说移宫有真凭实据，但各臣的请求是在初二，方从哲的请求是在初五。那时奏章上疏送到乾清宫不送到慈宁宫已有三天，国家大事几乎中断，不是其他辅臣调查获悉，与朝臣极力请求，其危害真是一言难尽啊！臣恭敬拜读皇帝的诏书，其中说：‘辅臣的意义在于分管国事，替朕分担忧愁。现在这种局面，为何不代朕传一句话，平息各种意见纠纷，君臣之间的大义到哪里去了？’又说：‘朕不能忍受侮辱虐待，六七天都在日夜哭泣。’方从哲是顾命元老重臣，假使他能稍微有所行动，何至于让至尊的皇帝如此忧愤危险！他阿谀奉承太监是那么多，感戴皇帝的圣明是如此少，所以胆敢侮辱皇帝的祖先，违抗皇帝的父亲，而欺负皇帝陛下啊。”最后又极力说明黄克缵的荒谬。二疏章一起交朝廷讨论。不久上报皇帝，只是将李可灼下狱发配边地，方从哲不问罪。
山东巡抚报告，五月中旬，大白天月亮和星星一齐出现了。孙慎行以为非常怪异，上疏请求皇帝修身反省，语言非常直率中肯。秦王朱谊氵患由庶受封，排行老四按规矩不应该封为郡王，重礼贿赂皇帝近臣，才得圣旨批准。孙慎行坚决不接受诏书，三次上疏争辩，没有结果。七月称病离职。
这一年冬天，朝廷推举内阁大臣，以孙慎行第一，吏部侍郎盛以弘第二。魏忠贤压制不任用，任用顾秉谦、朱国祯、朱延禧、魏广微，朝臣大吃一惊。叶向高接连上疏请求任用孙、盛二人，最终没有效果。此后，魏忠贤气焰嚣张，讨论编写《三朝要典》，孙慎行列为“红丸案”的首犯。同党张讷于是上疏极力诋毁，下诏剥夺官籍。不久，刘志选又两次上疏追查揭发，下诏抚按调查审讯，发配宁夏充边，没有出发，庄烈皇帝即位，赦免了他。
崇祯元年(1628)命令以原来官职协助治理詹事府，极力推辞不到任。孙慎行操守严峻，品行纯洁，为一代官吏之宗师。朝士多数推举他进入内阁，吏部尚书王永光极力排斥他，终究不被任用。八年，推举内阁大臣，几次皇帝都不满意。最后把孙慎行、刘宗周、林钅干的名字上报，皇帝立即召见他们。孙慎行已经患病，刚到北京就死了。赠封太子太保，谥号文介。
高攀龙，字存之，无锡人。少年时读书，就喜好程颐、朱熹的学说。万历十七年(1589)中进士，授行人职。四川佥事张世则进呈他的著作《大学初义》，诋毁程颐、朱熹的章句，并请求颁行天下，高攀龙上疏极力反驳他的错误，张世则这本书便没有颁行。
侍郎赵用贤、都御史李世达被别人攻击丢了官，袁中的议论多数归咎于大学士王锡爵。高攀龙上疏说：
“近来朝廷之上，正人君子被排挤一空。大臣则孙钅龙、李世达、赵用贤走了，小臣则赵南星、陈泰来、顾允成、薛敷教、张纳陛、于孔兼、贾岩被斥退了。近来李祯、曾乾亨又无法安心本职而乞求走了，选郎孟化鲤又借口推荐言官张栋，随着这股潮流去了。
“天地之间造就一个人才是很难的，国家需要人才是很急迫的，这样的废置排斥，以后的人才怎么接得上。这些情况已使得正直的人扼腕叹息，奸邪的人弹冠相庆，世道人心如此真叫人不胜感慨！而且现在陛下的朝讲已经停止很久了，朝臣不能望见皇帝的龙颜。皇帝传旨下来，虽然说是圣上亲自裁定，但这里面隐藏了些什么，难以揣度其究竟，所以朝廷内外的舆论，不是说‘辅臣想除掉不归附自己的人’，就是说‘近侍不利用正直的人’。陛下深居九重之内，也曾经把每位大臣是否贤能的情况写了陈列在左右；而陛下对于各臣，也曾想过他们为什么会获罪的原因吗？如果以为都是由于圣上发怒，可是各臣除孟化鲤之外，未曾听说有触犯圣旨的，为什么都遭罢免斥退呢？即便违抗了皇帝讲了不中听的话，例如董基等，陛下已经录用，为什么对于这些人却不是这样呢？我恐怕陛下有驱逐奸邪的果断，而左右的人反而利用来实现自己嫉妒的私心；陛下有接纳进言的博大胸怀，而臣子反而留给您拒绝谏诤的讥嘲。传到各地，写进史册，使圣德受累不浅。
“辅臣王锡爵等，看他自我约束的情况，好像胜过张居正、申时行；观察他的用心和五十步笑百步又有什么不同呢？即如各臣被罢退斥逐，如果以为当然是这样，那么是非邪正，一般人都能辨别，怎么忍心坐视皇帝的错误做法，难道不是为了发泄私愤，而得益于把那些人全都罢免斥退光吗？”
最后极力诋毁郑材、杨应宿说人坏话、巴结奉承应该罢免。杨应宿也上疏攻击高攀龙，所讲的话非常荒诞，没有根据。两份奏疏一起交给部院，议论的结果是请求对二人稍加责罚，以表示惩治过去，警戒未来。皇帝不准，降杨应宿二级，把高攀龙贬职流放到揭阳为添注典史。
御史吴弘济等议论挽救，都受到谴责。高攀龙上任七个月就因事归去，接着父母去世，于是不再做官，在家住了近三十年。言者多次推荐，皇帝都不醒悟。
熹宗即位，起用高攀龙为光禄寺丞。天启元年(1621)升为少卿。第二年四月上疏弹劾外戚郑养性，说：“张差梃击谋害太子实在是郑养性的父亲郑国泰所主使。现在人们议论纷纷，都怀疑郑养性勾结宫内外犯法作乱的人，另有异谋，怀疑积累多了得不到解决，应当考虑一个妥善处理的办法。至于刘保谋反，是中官卢受主使的，刘于简的供词都在。卢受本是郑氏的私党，而李如祯一家勾结郑氏，阴谋陷害名将，导致失地丧师，刘于简原来的供词，说明李永芳约了李如祯做内应。像崔文升向来就是郑氏的心腹，知道先帝有虚症，故意给他服用泄药，这罪不能赦免。陛下仅仅将他斥责赶走，而崔文升还秘密住在京城。应该勒令郑养性回到家乡，尽快将李如祯、崔文升绳之以法，以昭彰国家大法。”奏疏送入，皇帝责怪高攀龙多事，但终于遣送郑养性回了老家。
孙慎行因为“红丸案”攻击前朝首辅方从哲，交给大臣们讨论。高攀龙引用《春秋》首恶性之诛为例，把“红丸案”的主要责任归咎于方从哲。给事中王志道为方从哲辩解，高攀龙写信切实责备他。不久改任太常寺少卿，上疏陈述努力学习的重要，接着说：“方从哲的罪行并非只有‘红丸’一件事，他最大的罪行在于勾结郑国泰。郑国泰父子有计划地谋害先帝的事不止一件，开始是张差的梃击，接着是郑贵妃进送美女，最后是崔文升的药，而方从哲实在是佑护他。尽力扶持帮助郑氏的党徒，尽力铲除不听从郑氏的人；一时人心惶惑，只知道郑氏，不知道东宫太子。这是盗贼一样的臣子，讨伐盗贼，就是陛下的孝。而有的人却说：‘为先帝隐讳才是孝。’这是扰乱天下的歪理。陛下顾念圣母就应该宣布李选侍的罪行，顾念皇考就应该加厚对李选侍的恩德，这样就仁至义尽了。而有的人却说：‘为圣母隐讳才是孝。’明明是圣谕，看作是假托；像杨涟那样忠心，却被诽谤为居功自傲。大臣怕被说是居功，宁愿以待罪之身躲在一边，当君父有急难的时候，却在那里袖身旁观，这也是导致天下大乱的歪理。被这样的说法所迷惑，真正的孝不知道是孝，把不孝也当作大孝；真正的忠不知道是忠，把不忠也当作大忠。忠孝都可以颠倒，什么事情不可以胡为呢？所以方从哲、郑养性不能不讨伐，为什么还让他们住在天子脚下？”当时在朝廷暗中支持方从哲的势力很大，他们摘取了高攀龙奏疏中“不孝”的话激怒皇帝，将要对他严加谴责。叶向高大力拯救，这才停发俸禄一年。邹元标受到攻击，高攀龙请求和他一同罢免，皇帝下诏挽留他。升为太仆卿，提升刑部右侍郎。
天启四年(1624)八月拜左都御史。杨涟等一群人攻击魏忠贤，双方已势不两立。等到叶向高离职，魏广微天天引导魏忠贤做坏事，而高攀龙是赵南星的门生，一同在重要部门。御史崔呈秀巡按淮、扬回来，高攀龙揭发他贪污受贿的邪恶行为，赵南星建议把他充军，崔呈秀处境困迫，急忙跑到魏忠贤那里，乞求做他的干儿子，于是捡了谢应祥的事，说高攀龙党附赵南星。皇帝下了道严厉的圣旨责问追究，高攀龙自己承担罪责走了。不久，南京御史游凤翔调出当知府，揭发高攀龙挟持私人势力排挤他。下诏恢复了游凤翔过去的官职，革了高攀龙的职。崔呈秀还不解恨，一定要杀他，把他的名字偷偷塞进李实弹劾周起元的奏疏中，派遣缇骑前往逮捕他。高攀龙早上拜谒宋代儒家学者杨龟山祠，有人把这公文告诉了他，高攀龙回去和二个门生一个弟弟在后园的池上喝酒，听说周顺昌已经被逮捕，笑说：“我视死如归，现在就要实现了。”进去和夫人说话，跟平时一样。出来，写了两张纸告诉二个孙儿说：“明天交给官府的校尉。”于是让他们出去，关好门。过了一会儿，大伙推门进去，看到一盏灯火光微弱，高攀龙已经整整齐齐地穿戴好衣帽自己溺死在池中了。拆开他所封的纸，是一个遗表，说：“我虽然被革职，从前曾是大臣，大臣受侮辱就是侮辱国家。谨向北面叩头，跟从屈原遗留下来的榜样。”又有告诉门生华久诚的信说：“我能够像这样从容不迫的死去，多少还是得力于我一生治学的结果。”当时他六十五岁。远近的人听到他的死讯，没有不为他哀伤的。
崔呈秀还不解恨，假传圣旨把高攀龙的儿子世儒交给司法部门审理，刑部判世儒不能防范他的父亲，流放服劳役。崇桢初年，追赠高攀龙为太子少保、兵部尚书，谥号忠宪，授予高世儒官职。
起初，海内学者全部都尊奉王守仁的学说，高攀龙心里很不以为然，他和顾宪成同在东林书院讲学，以静为主。品行纯良忠厚，完全是一个正直的人，被当时的学者所尊奉。海内士大夫，认识的和不认识的，都一致称颂高、顾二人。高攀龙被革职的时候，皇帝下诏拆毁了东林书院。庄烈帝即位，学者重新修复了它。
冯从吾，字仲好，陕西长安人。万历十七年(1589)进士，改任庶吉士，授官御史。巡视宫城，宦官置备名帖求见，拒绝不见。礼科都给事中胡汝宁奸诈狡猾、胡作非为，多次揭发都不离职。冯从吾揭露他的邪恶，才把他调往外地，正值考核地方官员的时候，冯从吾严加巡视，行贿者销声匿迹。
万历二十年(1592)正月上奏章说：“陛下郊庙祭礼不亲自参加，朝臣聚会不亲自驾临，奏章扣留在禁中不下发。请看戊子(1588)以前，周边国家效忠顺服，天下太平；己丑(1589)以后，南有倭寇告急，北有强敌犯边，天灾人祸，层出不穷。前者为励精图治的功效，后者是懈怠败坏的灾祸。近来传颂皇帝告谕，说皇帝身体欠佳，想以此为由自我掩饰，却不知宫内敲钟，声音已传于宫外。陛下每晚必饮酒，每饮必醉，每次喝醉了必定发脾气。左右的人稍有一句话不对劲，就用乱棍打死，外廷没有不知道的。天地良心，难道是可以欺骗的么！希望陛下不要以为天灾不足畏惧，不要以为人言不足忧虑，不要以为目前的太平安定可以依赖，不要以为将来的危险动乱可以忽视，如此，则是国家社稷的大坏事。”皇帝大怒，想处罚他廷杖刑。正好赶上仁圣太后的寿辰，内阁大臣极力劝解得以幸免。不久告假回家，起用巡视长芦盐政。为政清廉，优待商人，奸猾之徒大为收敛。回到朝廷后，正赶上皇帝因为军事事务大批废黜北京和南京的言官。冯从吾也被剥夺官籍，还是由于先前上疏的缘故。
冯从吾生性纯正而诚实，有志于濂、洛二个学派的理学，跟着许孚远学习。罢官回家，闭门谢客，用前辈学者的格言，对照自己的实践，造诣更加深邃。在家隐居二十五年，光宗即位，起用尚宝卿，提升太仆少卿，全因为哥哥的丧礼没有赴任。不久改任大理寺。
天启二年(1622)提拔为左佥都御史。才二个月，提升为左副都御史。朝廷讨论“三案”，冯从吾说：“李可灼拿至尊皇帝试验药物，却同意他称病回家，掌权者是何用心？至于梃击这个官司，跟揭发奸人的各臣作对的人，就是奸人。”因此众太监讨厌他。
不久，与邹元标共同创建首善书院，召集志同道合的人在里面讲学。给事中朱童蒙上疏诋毁。冯从吾说：“宋朝不兴盛，是因为禁止讲学的缘故，而不是讲学的缘故。我朝太祖、成祖宣扬‘六经’，皇帝布置讲经史的几席，皇太子出楼听讲，都是讲学。臣子期望皇帝讲学，自己却不去做，能行吗？原大臣王守仁，在行军打仗的空隙，还不忘记讲学，终于成就伟大的功业。这就是我们不计较名誉得失而兴书院讲学的原因。”于是再次称病辞职，皇帝下诏好言相劝，挽留他。给事中郭允厚、郭兴治又先后极力诋毁邹元标。冯从吾又上疏说：“我壮年时进入朝廷，就跟杨起元、孟化鲤、陶望龄等人创立讲学会，直到我告病回家才停止。北京讲学，过去就有了，为什么直到今天才被谴责？”于是再次上疏辞职。
天启四年(1624)春天，起用为南京右都御史，多次推辞没有批复，征召授官工部尚书。正好赵南星、高攀龙相继离职，接连上疏极力推辞，让他辞官回家。第二年秋天，魏忠贤的党羽张讷上疏诋毁冯从吾，剥夺官籍。同乡王绍徽一向怀恨冯从吾，等到在吏部任职，使乔应甲巡抚陕西，千方百计地搜集材料，但一无所获。于是毁坏书院，推倒先圣的像，丢在城角。冯从吾非常愤怒、忧郁，得病死了。崇祯初年，恢复官阶，赠封太子太保，谥号恭定。
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