阮元于高宗乾隆二十九年甲申(1764年)出生于江苏扬州府城一个以文兼武的世家。他的祖父阮堂武进士出身,官湖南参将,曾率军征苗,活捉苗人数千人。父亲阮承信系国学生,修治《左氏春秋》,为古文大家。母亲林氏也出身于仕宦之家,通晓诗书,有修养。
阮元5岁开始跟从母亲学字,6岁进私塾就学。他的母亲对他偏重于文字的教育,他的父亲则令他通文义和立志向学。阮承信熟读《资治通鉴》,对阮元讲“成败治乱,战阵谋略”,并教他骑马和学射箭,并对他说“此儒者事,亦吾家事也”,希望他文武兼备。
乾隆五十四年(1789年)廿五岁的阮元中进士,入翰林院任庶吉士,次年授翰林院编修。一年后因学识渊博,受高宗赏识升任少詹事,入值南书房、懋勤殿,迁任詹事。1793年至1795年,提督山东学政,曾数游济南名泉,留下不少赞泉诗,写有《小沧浪笔谈》,杂记济南掌故风物等;广交山东及寓鲁金石学家,遍访山东金石文物,在毕沅主持下,撰成《山左金石志》24卷,对山东乾嘉之际金石学的兴盛贡献颇巨。
后历任浙江学政,仁宗嘉庆三年(1798年)返京,任户部左侍郎,会试同考官,未几又赴浙江任巡抚,抚浙约十年。在任期间,除吏治军政之外,又纠合浙江文人,编书撰述不辍。嘉庆六年(1801年)在杭州建立诂经精舍,聘王昶授词章,孙星衍授经义,作育英才。以嘉庆十年丧父,服除,任职兵部,又先后出为湖南、浙江巡抚。在浙江巡抚任上,政绩颇多,其最大的功劳就是平定海盗。
嘉庆十九年(1813年)调江西巡抚,因捕治逆匪胡秉耀有功,加太子少保,赐花翎。嘉庆二十一年(1815年)调河南,升湖广总督。任期内修武昌江堤,建江陵范家堤、沔阳龙王庙石闸。嘉庆二十二年(1816年)调两广总督。在粤期间,建议禁鸦片,对英商采用较严厉的政策并上书嘉庆帝,认为“宜镇之以威,不可尽以德绥”。为防范英人异动,阮元于嘉庆二十二年(1817)十二月,奏请建大黄■、大虎山两炮台。翌年正月,又奏请增兵200人防守大虎山、蕉门炮台等处。二月,密陈《预防英夷事略》,认为英人恃强贪利,宜多镇以威,未便全绥以德。如其擅入内洋,则以停止贸易、断其食用买办、开炮火攻等措施加以惩创。他还说“彼国伎俩,惟恃船坚炮利,一经上岸,则无拳无勇,与东倭不同。或谓攻击恐生事端,此似是而非之论也”。嘉庆帝不以为然,朱批云:“总须德威相济,不可妄动,慎之。”嘉庆二十四年(1819)闰四月,阮元奏请筑桑园基围石堤,减轻了广东珠江三角洲的水患。[3] 嘉庆廿五年(1820年)广州已有“羊城”、“越华”、“粤秀”、“应元”四大书院,阮仍感未能满足士子进修学业的需要[3] ,在粤创立学海堂书院。道光元年(1821年)阮元兼任粤海关监督。当时来往中国的外国船只常常挟带鸦片入境,阮元对敢于经售鸦片者予以严办。从道光元年至六年,他捐出自己的“廉俸”,部分发商生息,部分建铺出租,部分购地出租,所得收益,用作学海堂的费用津贴。他还发动各官绅捐资赞助,又刻售《皇清经解》1400卷,以充经费。选址方面,经反复筛选,最后定于越秀山麓(今广州二中址),于道光四年(1824)落成。
自宋代以后,各地书院均设山长一人主讲并总理院事。但由于清初文字狱的影响,山长不敢主持讲学,书院学术风气大衰,大多变成专讲八股科举的场所,山长中也有不少是滥竽充数的学阀。针对时弊,阮手订的《学海堂章程》第一条规定:由学长8人同司课事,永不设山长,亦不容荐山长。学长们分门别类指导课业,轮流执掌堂务。分工治事,集体负责,是阮元开创的学长制的特点,实践证明行之有效,并为其后不少书院所效法。
道光六年(1826年)迁云贵总督,一方面罢免贪官污吏,加强对盐税的征收和管理;另一方面,组织偏远地区的百姓开荒种地,防御蛮族的进攻。道光十五年(1835年)召阮元回朝,拜体仁阁大学士,,管理刑部,调兵部。道光十八年(1838年)因老病致仕,返扬州定居,道光帝许之,给半俸,临行加太子太保衔。道光二十九年(1849年)卒于扬州康山私宅,谥“文达”,享寿八十六岁。入祠乡贤禂、浙江名宦祠。