金圣叹生于1608年3月3日(万历三十六年四月十七日),童年贫困孤独,九岁入读私塾,刻苦勤奋,思想独立,喜爱阅读,尤其沉迷于《水浒传》,成年后考取秀才,耗费无度,以致常处贫困。金圣叹笃信神佛,喜读佛经和结交僧人,擅长扶乩降灵,自称为佛教天台宗祖师智顗弟子的转世化身,托名“泐庵”法师,士大夫尊称为“泐公”或“泐师”,20岁起开始在吴县扶乩,自称收纳30多个已逝女子为冥间弟子,1635-1637年间最活跃,曾到叶绍袁、钱谦益、姚希孟、戴汝义等士大夫家中扶乩,写出优美感人的篇章,往往说中事主的心思,受叶绍袁等人的崇信;钱谦益直言金圣叹好像受某种神灵支配。其后他绝意仕宦,埋首书本,约在1641年评点小说《水浒传》,1656年刊行评点王实甫《西厢记》,此外编辑唐诗选集《唐才子书》8卷,编写八股文应试范本《制义才子书》,并注释杜甫诗集。他亦开堂招生讲学,旁征博引,炫耀才学,颇受当地士庶赞赏。他为人狂放不羁,能文善诗,因岁试作文怪诞而被黜革。后为应科试,改称金人瑞,考第一,但绝意仕进,以读书著述为乐。评注不少古典,奇才也。
顺治十七年(1660年),皇帝对金圣叹的作品加以赞美“此是古文高手,莫以时文眼看他。”他听说后,随即“感而泣下,因向北叩首”。
顺治十八年(1661年),吴县新任县令任维初为追收欠税,鞭打百姓,亏空常平仓的漕粮,激起苏州士人愤怒。3月初,金圣叹与一百多个士人到孔庙聚集,悼念顺治帝驾崩,借机发泄积愤,到衙门给江苏巡抚朱国治上呈状纸,控诉任维初,要求罢免其职。朱国治下令逮捕其中11人,并为任维初遮瞒回护,上报京城诸生倡乱抗税,并惊动先帝之灵。清朝有意威慑江南士族,再逮捕金圣叹等7个士人,在江宁会审,严刑拷问,以叛逆罪判处斩首(顺治十八年七月十三日),于8月7日行刑,是为哭庙案。
临死前金圣叹看见家人,神色自若的说:“莲子心中苦,梨儿腹内酸。”他的家人一听,忍不住嚎啕大哭,围观的人也都为之鼻酸,而潸然泪下。金圣叹财产充公,家属发配满洲。金圣叹仅向巡抚示威,并无意造反,却遭贪官陷害,在狱中悔恨交加,念念不忘、难以释怀的是才子书评点尚未完成,辜负生平志业。过身后,族兄金昌收集编辑其著作与遗稿,题为《唱经堂才子书汇稿》出版,儿子金雍则编集他对唐诗的评解,题《唐才子诗甲集》出版。
传说圣叹死后托梦给朱眉方,说他已成为邓尉山神。邓尉山在苏州西南七十里光福镇,又名万峰山,前瞰太湖,风景极佳。邓尉山多梅树,花开时一望如雪,如颂圣叹人品之高洁。
墓葬在苏州吴中区藏书五峰山下博士坞,江苏省文物保护单位。传在今河北省阜城县曾有衣冠冢一座。