万历三年(1575)李流芳出生于嘉定南翔一户官宦人家。原籍安徽歙县南丰。祖父 李文邦为迁翔始祖,任成山卫指挥使,封赠公爵。父亲李汝筠系县学生。伯父李汝节是嘉靖进士,官安吉知州。堂兄李先芳。万历进士,四川参议。李流芳兄弟四人:长兄李元芳,诸生,诗人;仲兄李名芳万历进士,翰林院庶吉士;弟李三芳,定海县丞。李流芳排行第三,人称李三长蘅。
李流芳青少年时,潜身东林庵中,认真读书,企求科举入仕。万历三十四年(1606),32岁中举,后又两度赴京参加殿试皆不第。时朝廷为太监魏忠贤及其党羽把持,仕途凶吉难料。他感到气馁,回到家乡,自建“檀园”,绝意仕途。他经常游览杭州西湖,一边游湖一边作画,并提笔写下一系列题跋,一派高人逸士之风度。为人耿直,诗风清新自然,文品为士林翘楚。魏忠贤建生祠不往拜,与人云:“拜,一时事,不拜,千古事。”
李流芳和程嘉燧,诗文书画齐名。李氏曾对好友钱谦益说:“精舍轻舟,晴窗明己,看孟阳(程嘉燧)吟诗作画乃是生平第一快事。”钱谦益曰:“吾却有二快,兼看兄与孟阳耳。”崇祯元年(1628),钱谦益被放,坐帐论牍,病中的李流芳闻讯,扶枕浩叹:“不可为矣!”
崇祯二年 (1629)闰四月三日李流芳卒于檀园,享年五十五岁。钱谦益作《李长蘅墓志铭》,程嘉燧书丹,宋珏篆盖,侯峒曾作《祭李长蘅先生文》。清嘉定诗人林大中有诗夸其“忆当晚明时,官途亦多术。高士多鄙之,坚卧独不出。诗笔能清真,画品亦超轶。不拜千古事,名言殊简质。孝廉忧国家,呕血遂以卒。”大书画家董其昌曰:“其人千古其艺千古!”