萧至忠早年曾在伊阙县、洛阳县担任县尉，后改任监察御史。704年（长安四年），萧至忠因弹劾宰相苏味道赃贪，被越级擢升为吏部员外郎。
705年（神龙元年），萧至忠因依附梁王武三思，升任御史中丞。后来，萧至忠又弹劾祝钦明、窦希玠与李承嘉，改任吏部侍郎，仍兼御史中丞。
707年（景龙元年），太子李重俊发动兵变，诛杀武三思，但最终兵败被杀。宰相宗楚客趁机诬陷相王李旦也参与兵变，唐中宗便命萧至忠审理。萧至忠哭诉道：“此前，天后欲立相王为太子，相王数日不食，请求让于陛下，其德行天下皆知。如今陛下贵为天子，怎么容不下一个弟弟呢？而要信人谗言。”唐中宗这才作罢。不久，萧至忠担任中书侍郎、同中书门下平章事，成为宰相。
709年（景龙三年），萧至忠升任侍中，监修国史，不久又改任中书令。当时，宰相宗楚客、纪处讷结党营私，韦巨源、杨再思、李峤只求自保，无所匡正。萧至忠起初坚守本职，受到时人的尊重，后来也依附于韦氏，将女儿嫁给韦皇后的表弟，甚至为死去的女儿与韦后的弟弟结冥婚。
710年（景云元年），李隆基发动唐隆政变，诛杀韦皇后。不久，相王李旦继位，是为唐睿宗，萧至忠被贬为晋州刺史。当时，太平公主权倾朝野，萧至忠便主动投靠太平公主。太平公主认为萧至忠的儿子在唐隆政变中遇害，他一定会心存怨望，可以帮助自己，便把他召回京师，任命为刑部尚书、中书令，封酂国公。
对于萧至忠依附太平公主的行为，很多人都进行反对。萧至忠的妹夫华州刺史蒋钦绪曾对他道：“凭您的才学，何必担心日后不能飞黄腾达！最好不要作非分之想，钻营求官。”萧至忠不听。蒋钦绪叹道：“萧家九代卿族，至此一朝族灭，实在是可悲呀！”后来，萧至忠从公主府中出来，恰巧遇到宋璟。宋璟道：“这不是我对您所期望的。”萧至忠讪笑道：“宋生说得很对！”说完便催马离去。
712年（先天元年），唐睿宗禅位于太子李隆基，是为唐玄宗。713年（开元元年），太平公主与萧至忠、窦怀贞、岑羲、崔湜、薛稷等人密谋废立，决定在七月四日发动兵变，由常元楷、李慈率羽林军闯入武德殿，萧至忠则与窦怀贞、岑羲在南衙举兵响应。不料唐玄宗提前得知消息，抢先平息兵变。萧至忠逃入南山，数日后被捕伏诛，家财也被抄没。
萧至忠虽因谋反被杀，唐玄宗对他仍很欣赏。后来，唐玄宗任命源乾曜为宰相，对高力士道：“你知道我为什么提拔源乾曜吗？我觉得他很像萧至忠。”高力士问道：“萧至忠不是辜负了陛下吗？”唐玄宗道：“萧至忠是治国之才，只是晚年做了错事而已，他起初不是非常贤能吗？”