李时珍于1593年逝世,享年75岁(虚岁为76岁);李时珍逝世后遗体被安葬在湖北省蕲春县蕲州镇竹林湖村。到今天为止,蕲州一带的中医每年清明都要到墓地朝拜,许多人常把坟头的青草带回家以消灾灭病。新中国成立后,为纪念对人类作出伟大贡献的这位科学巨人,1954年,将其坟墓列为全国重点保护单位,蕲春县人民政府对墓地进行了修缮,碑前青石上刻有著名人物画家蒋兆和所画的李时珍像,墓前另立石碑,上刻原中国科学院院长郭沫若先生的题词。
1978年,湖北省文化局重修李时珍墓,并初具陵园规模。
1980年,在陵园内正式建立了国家重点文物保护机构——李时珍纪念馆。整个纪念馆占地面积50000平方米,由本草碑廊、纪念展览、药物馆、百草药园、墓园五大部分组成。纪念馆仿古大门上镶嵌着邓小平同志于1987年7月8日亲笔题写的馆名。纪念馆的展品主要有历史文物、文献、药物标本、图表、照片、画像、雕塑等1000余件,形象系统地介绍了李时珍的生平和《本草纲目》的伟大成就。藏品中有诸多古籍善本,尤以《本草纲目》自明清以来的各种版本弥足珍贵。建馆20多年来,纪念馆已累计接待中外宾客300多万人次,在国内外产生了重要的政治和文化影响。
李时珍的著作《本草纲目》对自然科学和社会科学各学科的巨大贡献和伟大成就,奠定了他在中西医学史和科学文化史上的地位,李时珍也受到人们的爱戴和怀念。1983年,李时珍的塑像在湖南长沙落成,系由恢复高考后湖南医学院(湘雅医学院)的首届毕业生捐给母校,塑像由中国著名雕塑家朱惟精亲自创作设计,湘雅医学院老校长、中国著名医学科学家张孝骞亲笔题词:“精研医学,勤学先贤,为民服务,又红又专”。湖南塑像位于中南大学公共卫生学院大院内,毗邻美丽的湘雅医学院近代建筑群。